Katedra Fizyki Ciała Stałego

• Zespół Badań Strukturalnych, Magnetycznych i Aplikacyjnych
• Zespół Efektów Kwantowych w Nanostrukturach
• Zespół Materiałów Magnetycznych Litych i Nanomateriałów
• Zespół Materiałów Nadprzewodzących i Magnetycznych
• Zespół Nanostruktur Powierzchniowych

Katedra Fizyki Materii Skondensowanej

• Laboratorium Mikro- i Nanotomografii (LMiNT-AGH)
• Grupa Miękka Materia
• Grupa Struktura elektronowa ciała stałego
• Grupa Struktury aperiodyczne i złożone
• Grupa Własności mechaniczne i in. w materiałach polikrystalicznych

Katedra Fizyki Medycznej i Biofizyki

• Zespół Badań Biomedycznych i Środowiskowych
• Zespół Biospektroskopii Atomowej i Molekularnej
• Zespół Obrazowania i Modelowania

Katedra Informatyki Stosowanej i Fizyki Komputerowej

• Zespół Technik Informacyjnych i Badań Systemowych
• Zespół Teorii Nanostruktur i Nanourządzeń
• Zespół Układów Złożonych
• Zespół Wsparcia Komputerowego

Katedra Oddziaływań i Detekcji Cząstek

• Zespół Elektroniki Jądrowej i Detekcji Promieniowania
• Zespół Fizyki Cząstek Elementarnych

Katedra Zastosowań Fizyki Jądrowej

• Zespół Fizyki Środowiska
• Zespół Fizyki Układów Silnie Oddziałujących
• Zespół Biofizyki Molekularnej i Bioenergetyki